La historia de la Cripta de La Almudena y de la misma Catedral comienza con el derribo de la iglesia más antigua de Madrid. Víctima del sexenio revolucionario y un aparente intento de renovación urbana, que culmina un proceso de destrucción y abandono que legalmente comienza con la primera desamortización, cuyas consecuencias se prolongan hasta muy recientemente.
Completamente independiente de la Catedral, la fachada y la entrada a la Cripta se encuentra en la calle Mayor número 90. Cuenta con tres puertas neorrománicas y arcos de medio punto. Una vez dentro, lo primero que aparece es la girola -contrario a lo que es normal en los templos cristianos-, con una pila de agua bendita en piedra, dos arcos con sus respectivas vidrieras y sobre los arcos la placa que recuerda que fue la Infanta Isabel de Borbón, conocida como " la Chata", quien costeó la piedra. Proyectada por el Marqués de Cubas, su primera piedra se pone en 1,883, abriéndose al público en mayo de 2011. La cripta tiene la misma planta que la catedral que sustenta, cruz latina, con 5 naves y 18 capillas.
No hay que olvidar que la Cripta también es Iglesia, la Parroquia de Santa María la Real de la Almudena.
El Altar mayor carece de retablo, está presidido por tres imágenes, siendo la más prominente la del Sagrado Corazón, a su derecha se encuentra la Virgen de la Almudena, réplica exacta de la que se encuentra en la Catedral y a la izquierda San Isidro Labrador, patrón de Madrid.
Cuenta con más de 400 columnas, cada capitel es diferente y con diferentes motivos, desde la representación de los 4 evangelistas, el oso y el madroño, hasta soldados y castillos; 50 de estas columnas son monolíticas, es decir esculpidas en un único bloque, lo que puede apreciarse más claramente en el altar mayor.
En la cripta y sus capillas, se pueden contemplar pinturas, relieves, vitrales, lámparas votivas.
El Cristo del buen camino, talla del s. XVI, procedente de la Iglesia de Santa maría. Y el mural de la Virgen del Pilar.
Cristo yacente en la capilla del Santísimo. Enterramiento de los Condes de San Esteban de Cañongo.
Las vidrieras de la Cripta son del taller de Maumejean.
